将 .hermes 工具资源迁移至 .codex 同步代码、文档与 RAG 路径引用 补充任务范围、验收与时间盒执行规则
迁移项目共享记忆到 docs/project-memory，保留 .hermes 仅作为工具目录 新增 Agent 本地 RAG 索引与上下文包检索脚本 记录 RAG 依赖只安装到 .rag/runtime 并加入忽略规则 同步文档与检查脚本中的项目记忆路径
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